Budowy kościoła na warszawskiej Pradze podjął się w 1886 r. ks. Ignacy Dudrewicz. Konsekracja kościoła miała miejsce 29 września 1901 r. Otrzymał on dwóch patronów: św. Floriana, męczennika, i św. Michała Archanioła. W 1939 r. kościół uległ częściowemu zniszczeniu; szybko go jednak odbudowano. Kościół praktycznie zawalił się we wrześniu 1944 r., wysadzony przez wycofujących się z Pragi Niemców. W 1947 r. rozpoczęła się jego odbudowa.





25 marca 1992 r. po zatwierdzeniu nowego podziału terytorialnego Kościoła w Polsce bullą Totus Tuus Poloniae Populus papieża Jana Pawła II powstała nowa diecezja warszawsko-praska obejmująca obszar prawobrzeżnej Warszawy i okolic. Jako katedrę nowo powstałej diecezji obrano kościół pw. św. Michała Archanioła i św. Floriana, męczennika, podnosząc go do rangi katedry. Ordynariuszem warszawsko-praskim został bp Kazimierz Romaniuk. Obecnie ordynariuszem jest abp Henryk Hoser. Pomaga mu bp Stanisław Kędziora oraz biskup-senior Kazimierz Romaniuk.



W marcu 1997 r. na skutek starań biskupa ordynariusza papież Jan Paweł II specjalnym breve nadał katedrze praskiej tytuł bazyliki mniejszej. Uroczystość nadania tytułu miała miejsce 5 maja 1997 r.
Najważniejszym wydarzeniem w historii młodej diecezji warszawsko-praskiej była wizyta Ojca Świętego 13.06.1999 r. Spotkanie z Janem Pawłem II odbyło się na placu przed katedrą. Papież mówił wtedy m.in.:

Pierwsza chrześcijańska wspólnota, którą Łukasz przedstawił w Dziejach Apostolskich jako przykład dla nas, umacniała się Eucharystią. Wielkie znaczenie dla Kościoła i jego poszczególnych członków ma sprawowanie Eucharystii. Jest ona, jak przypomina Sobór, "źródłem i szczytem całego życia chrześcijańskiego" (por. Sobór Watykański II, konstytucja Lumen gentium, 11). Św. Augustyn nazywa ją "więzią miłości" (św. Augustyn, In Evangelium Johannis tractatus, 26, 6, 13). Jak czytamy w Dziejach Apostolskich, ta "więź miłości" była od początku źródłem jedności wspólnoty uczniów Chrystusa. Z niej wypływała troska o potrzebujących braci, tak że swoje dobra "rozdzielali każdemu według potrzeby" (por. Dz 2, 45). Ona była źródłem radości, prostoty serca i wzajemnej życzliwości. Dzięki tej eucharystycznej "więzi miłości" wspólnota chrześcijańska mogła trwać jednomyślnie w świątyni i jednym sercem szczerze wielbić Boga (por. Dz 2, 46-47), a wszystko to było czytelnym świadectwem dla świata: "Pan zaś przymnażał im codziennie tych, którzy dostępowali zbawienia" (Dz 2, 47).
Miłość i jedność płynąca z Eucharystii nie jest tylko wyrazem ludzkiej solidarności, ale jest uczestnictwem w samej miłości Bożej. Na niej buduje się Kościół. Ona jest warunkiem skuteczności jego zbawczego posłannictwa.