Jan urodził się w rodzinie ubogich wieśniaków w Dardilly koło Lyonu 8 maja 1786 r. Do I Komunii przystąpił potajemnie podczas Rewolucji Francuskiej w 1799 r. Po raz pierwszy przyjął Chrystusa do swego serca w szopie, zamienionej na prowizoryczną kaplicę, do której wejście dla ostrożności zasłonięto furą siana. Ponieważ szkoły parafialne były zamknięte, nauczył się czytać i pisać dopiero w wieku 17 lat.
Po ukończeniu szkoły podstawowej, otwartej w Dardilly w 1803 roku, Jan uczęszczał do szkoły w Ecully (od roku 1806). Miejscowy, świątobliwy proboszcz udzielał młodzieńcowi lekcji łaciny. Od służby wojskowej Jana wybawiła ciężka choroba, na którą zapadł. Wstąpił do niższego seminarium duchownego w 1812 r. Przy tak słabym przygotowaniu i późnym wieku nauka szła mu bardzo ciężko. W roku 1813 przeszedł jednak do wyższego seminarium w Lyonie. Przełożeni, litując się nad nim, radzili mu, by opuścił seminarium. Zamierzał faktycznie tak uczynić i wstąpić do Braci Szkół Chrześcijańskich, ale odradził mu to proboszcz z Ecully. On też interweniował za Janem w seminarium. Dopuszczono go do święceń kapłańskich właśnie ze względu na tę opinię oraz dlatego, że diecezja odczuwała dotkliwie brak kapłanów. 13 sierpnia 1815 roku Jan otrzymał święcenia kapłańskie. Miał wówczas 29 lat.
Pierwsze trzy lata spędził jako wikariusz w Ecully. Na progu swego kapłaństwa natrafił na kapłana, męża pełnego cnoty i duszpasterskiej gorliwości. Po jego śmierci biskup wysłał Jana jako wikariusza-kapelana do Ars-en-Dembes. Młody kapłan zastał kościółek zaniedbany i opustoszały. Obojętność religijna była tak wielka, że na Mszy świętej niedzielnej było kilka osób. Wiernych było zaledwie 230; dlatego też nie otwierano parafii, gdyż żaden proboszcz by na niej nie wyżył. O wiernych Ars mówiono pogardliwie, że tylko chrzest różni ich od bydląt. Ks. Jan przybył tu jednak z dużą ochotą. Nie wiedział, że przyjdzie mu tu pozostać przez 41 lat (1818-1859).
Całe godziny przebywał na modlitwie przed Najświętszym Sakramentem. Sypiał zaledwie po parę godzin dziennie na gołych deskach. Kiedy w 1824 r. otwarto w wiosce szkółkę, uczył w niej prawd wiary. Jadł nędznie i mało, można mówić o wiecznym poście. Dla wszystkich był uprzejmy. Odwiedzał swoich parafian i rozmawiał z nimi przyjacielsko. Powoli wierni przyzwyczaili się do swojego pasterza. Kiedy biskup spostrzegł, że ks. Jan daje sobie jakoś radę, erygował w 1823 r. parafię w Ars. Dobroć pasterza i surowość jego życia, kazania proste i płynące z serca - powoli nawracały dotąd zaniedbane i zobojętniałe dusze. Kościółek zaczął się z wolna zapełniać w niedziele i święta, a nawet w dni powszednie. Z każdym rokiem wzrastała liczba przystępujących do sakramentów.

Pomimo tylu zabiegów nie wszyscy jeszcze zostali pozyskani dla Chrystusa. Ks. Jan wyrzucał sobie, że to z jego winy. Uważał, że za mało się za nich modli i za mało pokutuje. Wyrzucał także sobie własną nieudolność. Błagał więc biskupa, by go zwolnił z obowiązków proboszcza. Kiedy jego błagania nie pomogły, postanowił uciec i skryć się w jakimś klasztorze, by nie odpowiadać za dusze innych. Biskup jednak nakazał mu powrócić. Posłuszny, uczynił to.
Nie wszyscy kapłani rozumieli niezwykły tryb życia proboszcza z Ars. Jedni czynili mu gorzkie wymówki, inni podśmiewali się z dziwaka. Większość wszakże rozpoznała w nim świętość i otoczyła go wielką czcią.
Sława proboszcza zaczęła rozchodzić się daleko poza parafię Ars. Napływały nawet z odległych stron tłumy ciekawych. Kiedy zaś zaczęły rozchodzić się pogłoski o nadprzyrodzonych charyzmatach księdza Jana (dar czytania w sumieniach ludzkich i dar proroctwa), ciekawość wzrastała. Ks. Jan spowiadał długimi godzinami. Miał różnych penitentów: od prostych wieśniaków po elitę Paryża. Bywało, że zmordowany jęczał w konfesjonale: "Grzesznicy zabiją grzesznika!" W dziesiątym roku pasterzowania przybyło do Ars ok. 20 000 ludzi. W ostatnim roku swojego życia miał przy konfesjonale ich ok. 80 000. Łącznie przez 41 lat jego pobytu w tym miejscu przez Ars przewinęło się około miliona ludzi.
Nadmierne pokuty osłabiły już i tak wyczerpany organizm. Pojawiły się bóle głowy, dolegliwości żołądka, reumatyzm. Do cierpień fizycznych dołączyły duchowe: oschłość, skrupuły, lęk o zbawienie, obawa przed odpowiedzialnością za powierzone sobie dusze i lęk przed sądem Bożym. Jakby tego było za mało, szatan przez 35 lat pokazywał się ks. Janowi i nękał go nocami, nie pozwalając nawet na kilka godzin wypoczynku. Inni kapłani myśleli początkowo, że są to gorączkowe przywidzenia, że proboszcz z głodu i nadmiaru pokut był na granicy obłędu. Kiedy jednak sami stali się świadkami wybryków złego ducha, uciekli w popłochu. Jan Vianney przyjmował to wszystko jako zadośćuczynienie Bożej sprawiedliwości za przewiny własne, jak też grzeszników, których rozgrzeszał.

Jako męczennik cierpiący za grzeszników i ofiara konfesjonału, zmarł 4 sierpnia 1859 r., przeżywszy 73 lata. W pogrzebie skromnego proboszcza z Ars wzięło udział ok. 300 kapłanów i ok. 6000 wiernych. Nabożeństwu żałobnemu przewodniczył biskup ordynariusz. Śmiertelne szczątki złożono nie na cmentarzu, ale w kościele parafialnym. W 1865 r. rozpoczęto budowę obecnej bazyliki. Papież św. Pius X dokonał beatyfikacji sługi Bożego w 1905 roku, a do chwały świętych wyniósł go w roku jubileuszowym 1925 Pius XI. Ten sam papież ogłosił św. Jana Vianneya patronem wszystkich proboszczów Kościoła rzymskiego w roku 1929. W stulecie śmierci proboszcza z Ars Jan XXIII wystosował osobną encyklikę, w której przypomniał tę piękną postać.

W ikonografii Święty przedstawiany jest w stroju duchownym ze stułą na szyi, często w otoczeniu dzieci.